Bangunan rumah Pujiwati Sukendro terdiri atas bangunan utama untuk tempat tinggal dan bangunan service yang dihubungkan oleh selasar. Selain itu terdapat bangunan tambahan berupa gilingan padi, kios bahan bangunan, dan gudang.
Bangunan utama terdiri dari ruang tengah dan empat kamar tidur yang salah satunya kini difungsikan sebagai dapur. Bangunan utama memiliki beranda depan, beranda samping kiri, beranda samping kanan yang kini difungsikan sebagai kamar dengan tambahan dinding.
Bangunan utama atapnya berbentuk limasan ganda dengan rangka kuda-kuda dari kayu jati dan penutup dari genteng. Konstruksi dinding terbuat dari bata dengan spesi bligon ( campuran gamping, pasir dan bata yang ditumbuk ). Bahan plafon yang asli terbuat dari anyaman bambu, namun sudah diganti kecuali pada dapur yang masih asli. Bagian lantai terbuat dari plesteran semen dengan pola belah ketupat dan bujur sangkar.
Di sebelah timur bangunan utama, terdapat bangunan service yang dihubungkan dengan bangunan utama melalui sebuah selasar. Bangunan tersebut terdiri dari beberapa ruang seperti kamar mandi, dapur lama, kamar, sumur, dan garasi lama.
Secara arsitektural, bangunan rumah Pujiwati Sukendro memiliki gaya kolonial yang ditandai dengan adanya beranda depan dan samping rumah, langit-langit yang tinggi, dan memiliki jendela krepyak. Orientasi bangunan menghadap ke arah barat daya.
