Bangunan Puskesmas Mlati II terdiri dari bangunan induk dan bangunan tambahan di samping kiri dan kanan yang dihubungkan dengan selasar. Arah hadap bangunan menghadap ke timur.
Bangunan induk memiliki beberapa ruang, antara lain ruang perpustakaan, ruang kepala puskesmas, ruang bagian keuangan, ruang jaga, kamar mandi, ruang pelayanan psikologi, ruang pelayanan gizi dan ruang pelayanan fisioterapi. Beranda depan bangunan induk yang semula terbuka dibuat tertutup untuk penambahan ruang. Bangunan samping kanan terdiri dari delapan ruang periksa, ruang rekam medis, ruang VK laktasi, toilet, ruang farmasi, ruang laboratorium, dan ruang kespro. Bangunan ini memiliki beranda tambahan baru di sebelah selatan dan timur. Bangunan samping kiri terdiri dari ruang staf tata usaha, gudang peralatan, arsip, gudang, dapur, ruang laundry, dan genset.
Bangunan induk, samping kiri, dan samping kanan memiliki bentuk atap gambrel (campuran atap pelana dengan atap limasan) dengan penutup atap berupa genteng vlam. Dinding bangunan terbuat dari bata dan bagian dinding bawah dilapisi dengan batu kali. Pada bagian depan bangunan induk, terdapat kuncungan yang ditopang oleh tiang kayu. Di tengah bangunan induk terdapat selasar yang menghubungkan bangunan samping kiri dan kanan.
Bangunan Puskesmas Mlati II memiliki ciri arsitektur Indis yang ditandai dengan langit-langit dan jendela yang tinggi, memiliki beranda depan dan belakang, denah simetris serta memiliki bangunan tambahan di samping kanan kiri bangunan induk.
Bangunan Induk : 31.65 m x 8 m
Bangunan samping kanan : 38.5 x 9 m
Bangunan samping kiri : 31. 5 x 7.4 m