Museum Sandi merupakan satu dari beberapa bangunan di kawasan Kota Baru yang memiliki denah dua lantai berdasarkan rancangan aslinya. Bangunan menampilkan bentuk arsitektur kolonial Eropa namun masih menggunakan atap Iimas ciri khas arsitektur tradisional Jawa. Pada bagian atap sisi muka bangunan terdapat jendela dormer sebagai ventilasi udara. Terdapat balkon tanpa atap yang dilengkapi balustrade tepat di atas akses utama bangunan dan balkon tambahan beratap di lantai dua dinding sisi timur-selatan bangunan. Ciri khas bangunan memiliki bentuk jendela dan pintu yang tinggi tanpa peneduh. Lokasi bangunan yang terletak pada ujung percabangan jalan dan menghadap ke Sungai Code menjadikan keberadaannya cukup menonjol.
Gedung ini memiliki ciri khas bangunan rumah tinggal Belanda yang bergaya Indis, yaitu berdinding tembok dengan ketebalan 30 cm, sosok yang tinggi, berdenah simetris dan beratap perisai. Gedung ini terdiri dari bangunan induk yang berlantai dua dan bangunan pendukung di bagian belakang berlantai satu. Antara kedua bangunan dihubungkan dengan doorlop selebar 1,5 meter.
Bangunan induk terdiri atas dua lantai, memiliki tangga kayu yang memutar mengikuti dinding di ruang depan. Lantai bawah bangunan ini terdiri dari sembilan ruang sebagai berikut.
Ruangan 1 berukuran 580 cm x 750, dan memiliki teras di sisi barat berukuran 404 cm x 210 cm yang diberi pagar tembok setinggi 60 cm. Pintu masuk terdapat di sisi barat, pintu panil kayu berbentuk kupu tarung dengan arah bukaan keluar. Di kanan kiri pintu terdapat jendela panil kayu berbentuk kupu tarung dengan arah bukaan keluar, berteralis dan terdiri dari petak-petak kaca. Selain itu jendela juga terdapat di sisi utara dan selatan. Di atas pintu dan jendela terdapat bovenlicht panil kaca berteralis besi. Lantai ruangan berupa tegel abu-abu ukuran 20x20 cm. Plafon dengan bahan asbes eternit ukuran 1x1 m diplepet kayu 1x5 cm.
Ruangan 2 Sebagai ruang penerima berukuran 600 cm x 560 cm dengan pintu masuk di sisi utara, pintu panil kayu berbentuk kupu tarung. Di kanan dan kiri pintu terdapat jendela dari kaca (matglas), diatas pintu berupa bovenlicht panil kaca berteralis besi. Di atas pintu dipasang kanopi atap seng. Pada ruangan ini terdapat empat buah tiang cor beton penyangga bangunan, terdapat tangga berleter U untuk naik ke lantai dua, dimulai naik pada dinding sisi timur, railing tangga dibuat dari kayu jati serta terdapat hiasan berupa ukiran tumbuhan. Ruangan tidak berplafon karena berupa void. Lantai ruangan berupa tegel abu-abu ukuran 20x20 cm.
Ruang 3 berukuran 560 cm x 480 cm. Pintu masuk ruang ini dari barat yaitu pintu berdaun satu yang menghubungkan dengan ruang 2. Di sisi utara terdapat dua buah jendela dan di sisi timur terdapat sebuah jendela. Ketiga jendela berbentuk kupu tarung dengan dua daun jendela. Daun jendela sisi dalam terbuat dari panil kaca sedangkan sisi luar panil kayu. Di antara kedua jendela ini terdapat teralis besi. Diatas pintu dan jendela terdapat bovenlicht panil kaca berteralis besi.
Lantai ruangan berupa tegel abu-abu ukuran 20x20 cm. Plafon dengan bahan asbes eternit ukuran 1x1 m diplepet kayu 1x5 cm.
Ruang 4 berukuran 560cm x 480 cm. Ruang ini terhubung dengan ruang 3 dan 5 oleh sebuah pintu. Di sisi timur terdapat sebuah jendela berbentuk kupu tarung yang terdiri dari dua daun jendela, daun jendela sisi dalam terbuat dari panil kaca sedangkan sisi luar panil kayu. Di antara kedua jendela ini terdapat teralis besi.
Lantai ruangan berupa tegel abu-abu ukuran 20x20 cm. Plafon dengan bahan asbes eternit ukuran 1x1 m diplepet kayu 1x5 cm.
Ruang 5 berukuran 600 cm x 560 cm. Ruang ini terhubung dengan ruang 4, ruang 2 (saat ini ditutup oleh backdrop) dan ruang 1. Pintu masuk terdapat di sisi selatan, berbentuk kupu tarung arah bukaan keluar. Di kanan kiri pintu terdapat jendela berteralis besi panil kaca. Diatas pintu dan jendela terdapat bovenlicht panil kaca berteralis besi. Lantai ruangan berupa tegel abu-abu ukuran 20x20 cm. Plafon dengan bahan asbes eternit ukuran 1x1 m diplepet kayu 1x5 cm.
Ruang 6 berukuran 340 cm x 420 cm, pintu masuk terdapat di sisi timur yang berhubungan dengan ruang 5. Pintu berupa panil kayu, terdapat satu buah jendela pada sisi timur.
Ruang 7 merupakan kamar mandi berukuran 300 cm x 170 cm. Pintu masuk terletak di sebelah timur berukuran 90 cm x 200 cm.
Ruang 8 bersebelahan dengan ruang 7 merupakan WC berukuran 300 cm x 130 cm pintu masuk terletak di sisi timur berukuran 90 x 200 cm.
Ruang 7 dan ruang 8 terhubung dengan halaman belakang yang dipisahkan oleh selasar selebar 150 cm. Lantai selasar berupa tegel abu-abu ukuran 20x20 cm.
Ruang 9 berada di lantai dua berhubungan dengan ruang 13 dan untuk mengaksesnya perlu naik dari tangga belakang maupun dari tangga di ruang 2. Ruang sembilan merupakan bangunan yang terletak di sisi barat dengan ukuran 600 cm x 420 cm. Pintu masuk terletak di utara berbentuk kupu tarung. Balkon rumah terbuka berukuran 588 cm x 132 cm. Teras balkon berpagar roster setinggi 75 cm dan lebar 27 cm. Lantai balkon dari tegel abu-abu dengan plisir tegel merah. Di kanan kiri pintu terdapat jendela permanen tanpa daun jendela, menggunakan kaca dan berteralis besi. Lantai ruangan berupa tegel abu-abu ukuran 20x20 cm. Terdapat jendela loket pada dinding sisi timur.
Plafon dengan bahan asbes eternit ukuran 1x1 m diplepet kayu 1x5 cm.
Ruangan 10 merupakan ruangan di pojok sisi timur laut dan berukuran 600 cm x 475 cm. Pada dinding utara dan timur terdapat jendela berbentuk kupu tarung. Jendela ini terdiri dari dua lapis daun jendela. Jendela bagian dalam panil kaca sedang jendela luar panil kayu. Pintu di dinding timur ini merupakan akses menuju ke balkon, diatas setiap pintu dan jendela terdapat bovenlicht panil kaca berteralis besi. Balkon berupa lantai beton yang dibatasi oleh pagar kayu jati dibuat seperti sirip ikan. Atap balkon berupa genting dan diberi lisplang dari papan kayu jati, pada ujung-ujungnya lancip. Balkon tersebut sepanjang 2/3 dinding timur dan selatan menuju ke dapur, kamar mandi, dan berhubungan dengan tangga belakang. Lantai ruangan dan balkon berupa tegel abu-abu ukuran 20x20 cm.
Plafon dengan bahan asbes eternit ukuran 1x1 m diplepet kayu 1x5 cm.
Ruangan 11 berukuran 600 cm x 470 cm. Ruangan ini hanya mempunyai dua jendela yaitu di dinding timur dan selatan.
Ruangan 12 berukuran 560 cm x 600 cm, dan terdapat empat buah pintu di masing-masing dindingnya. Pada dinding selatan terdapat sebuah jendela yang merupakan jendela asli (belum diubah).
Ruangan 13 berukuran 330 cm x 400 cm dan dilengkapi dengan pintu di dinding selatan dan jika akan menuju ke ruang belakang dan kamar mandi/WC akan dijumpai tangga. Pintu terletak di sisi barat. Pada ruangan ini terdapat semacam loket, lubang loket dua buah. Di atas loket dibuat dinding dari kayu jati, sedang bagian bawah dari tembok sebagai penutup.
Ruangan 14 di sisi selatan ruangan ini merupakan kamar mandi dan WC. Untuk menuju ke kamar mandi melalui tangga dengan 5 buah anak tangga. Rata-rata tinggi anak tangga 16 cm, dari kayu jati (kondisi relatif baik). Kamar mandi berukuran 270 cm x.190 cm.
Ruang 15 ini merupakan WC berukuran 270 cm x 150 cm. Di selatan WC terdapat tangga turun, dengan anak tangga dari kayu sebanyak 18 buah, tinggi rata-rata 20 cm. Pada akhir tangga/paling bawah terdapat pintu keluar menuju ruangan terbuka pada lantai 1.
Ruang 16 adalah bangunan tambahan dan terletak di sudut barat daya, berbentuk trapesium, dengan luas 35,60 cm2 dan ketebalan dinding 10 cm. Ruangan ini mempunyai jendela di sisi barat, berukuran 210 cm x 120 cm.
Doorlop
Untuk menuju ke bangunan belakang ini dihubungkan dengan doorlop atau lorong sepanjang 1080 cm, lebar 178 cm. Bentuk atap doorlop adalah kampung yang disangga oleh 8 buah tiang kayu jati. Lantai berupa tegel abu-abu ukuran 20x20 cm
Bangunan Belakang
Bangunan belakang ini masih merupakan bagian dari bangunan induk. Satu buah bangunan di sisi paling barat. Saat ini digunakan sebagai ruang rapat, memiliki atap terpisah dengan ruang berukuran 630 cm x 900 cm. Bangunan ini memiliki interior yang sudah diubah.
Selanjutnya di sisi timur bangunan ini terdapat 9 ruangan, kemungkinan merupakan kamar- kamar pembantu dan gudang. Ruang-ruang ini membujur dari barat ke timur.
