Dalem ini dibangun secara bertahap pada masa pemerintahan Sri Sultan Hamengku Buwono VII, dan pertama kali ditempati oleh Pangeran Puruboyo (putra mahkota) yang kemudian naik tahta menjadi Hamengku Buwana VIII, sehingga dalem ini diberikan kepada putri tertuanya GKR Pembayun yang menikah dengan BPH Pakoeningrat. Saat ini Dalem Pakuningratan dihuni oleh dua keluarga ahli waris dari GKR Pembayun.
Dalem ini secara keseluruahn masih mempertahankan bentuk arsitektur asfinya, menghadap ke selatan, terdiri dari beberapa bangunan, baik yang ada di luar maupun di dalam tembok beteng. Bangunan yang ada di Juar tembok beteng yaitu montoran (garasi) yang ter1etak di sebelah tenggara pintu gerbang, sedangkan bangunan yang ada di dalam tembok beteng yaitu bagian kuncungan, pendapa, dan pringgitan yang rnerupakan bangunan terbuka. Selain bangunan dalem, terdapat juga bangunan markis yang sekarang digunakan untuk TK Budi Asih. Bagian pendapa saat ini digunakan untuk rumah makan Pendapa Dalem, sedangkan bagian gandok kiwo dan keputren sisi timur serta bagian belakang digunakan untuk STM Panca Sakti
