Bangunan berdenah persegi panjang dengan atap susun dua. Di atas atap ada menara kerucut sebagaimana masjid keraton pada umumnya. Atap berbentuk limasan dengan penutup genteng. liang penyangga (sokoguru) dari kayu jati berjumlah empat buah. Pada bangunan induk bagian dalam masjid memakai intemit terbuka dan tampak kayu kusen dan reng yang masih asli. Di sebelah barat daya masjid terdapat kompleks makam beberapa tokoh-tokoh keluarga Raja Mataram Islam, di antaranya: (1) makam Raden Ronggo, putra Panembahan Senopati, makamnya sangat sedemana tanpa nisan dan jirat, hanya dengan batu berbentuk perseg! panjang. (2) Makam Kanjeng Ratu Pakubuwono I yang menurunkan rajaraja Yogyakarta dan Surakarta. (3) Makam seorang syekh dari Arab. (4) Makam-makam kerabat dan keluarga keraton lainnya.
