Kapel ini berbentuk sebuah bangunan terbuka dengan bentuk atap joglo, bagian dinding sisi kanan dan kiri menggunakan pagar besi, bagian pintu juga menggunakan besi yang bisa dibuka dan ditutup. Kapel ini mempunyai ukuran lebar 510 cm dengan ketinggian sampai ke plafond 310 cm bahan yang digunakan untuk menutup plafong adalah eternit dengan lis kayu berwarna hitam.
Pada awal dibangun atap Kapel Tri Tunggal Maha Kudus ini berbentuk segitiga dan pada ujungnya terdapat salib dan berbahan sirap dan kurang lebih pada tahun 1975 atap kapel diganti ini berbentuk rumah adat Jawa, yaitu Joglo dengan genting motif kodok dicat dengan warna merah. Alasan penggantian atap tersebut karena dinilai bahan sirap tidak awet karena kondisi lingkungan yang lembab dan basah1, sedangkan bagian lantai menggunakan tegel dengan jenis kepala basah berwarna merah dengan ukuran 20 cm x 20 cm. Pada bagian depan bangunan mempunyai undakan (anak tangga) sebayak 7 buah, undakan ke-1 sampai ke-5 mempunyai ketinggian 40 cm, undakan ke-6 dan ke-7 masing-masing 30 cm. Pada bagian paling atas terdapat perbedaan tinggi lantai 20 cm. Bangunan kapel ini disangga oleh dua buah pilar yang dibuat menggunakan batu kali di cat warna kombinasi hitam-putih, dan mempunyai ukuran panjang 46 cm, lebar 46 cm, dan tinggi 340 cm.
Bagian samping kiri dan kanan kapel ini diberi pagar pengaman berbahan besi yang dirangkai dan dicat berwarna hitam yang menutupi 2/3 dari tinggi ruangan kapel. Ketinggian pagar besi di bagian depan kapel adalah 176 cm, yang juga berfungsi sebagai pintu gerbang yang biisa dibuka ke arah keluar jika kapel akan digunakan. Kelengkapan Kapel Tri Tunggal Mahakudus ini adalah:
- Sebuah altar berbahan kayu dengan ukiran hiasan Piala dan Hosti di sisi depan bagian tengah dan di sisi kanan terdapat ukiran huruf A (Alpha) dan pada sisi kiri terdapat ukiran huruf O (Omega), yang berarti Awal dan Akhir. Altar tersebut mempunyai panjang145 cm, lebar 70 cm, tinggi 95 cm. Satu buah mimbar yang terletak di bagian depan sisi kiri di luar bangunan.
- Satu buah kursi imam.
- Empat buah kursi pelayan imam yang ditempatkan di kanan – kiri ruangan, masing-masing 2 buah.