Al Quran yang terdapat di Masjid Jami’ Wonodoyo merupakan mushaf yang ditulis tangan, bukan cetakan/print/stamp yang menggunakan tinta berwarna hitam. Sampul terbuat dari kulit sapi/kerbau dengan ketebalan sekitar 4 Oz (1/16 inchi) berwarna coklat tua. Bahan pada bagian isi merupakan kertas berwarna kuning yang biasa digunakan dalam kitab kuning atau sering disebut daluwang. Total jumlah halaman pada Al Quran ini adalah 238 lembar dan memiliki 30 Juz lengkap beserta ayat dan suratnya.
Khat atau huruf yang digunakan dalam Al Quran ini tidak baku dengan bentuk mendekati huruf/khat Farsi dan pada beberapa bagian lainnya cenderung menyerupai Riq’ah. Pada bagian surah Al Ikhlas ditulis ulang atau ditebalkan dengan pena. Pemenggalan antar Juz dengan tanda ruku’. Ornamentasi atau iluminasi sederhana tanpa banyak paratext yakni berupa atau berbentuk garis atau frame.
Terdapat catatan berupa tulisan lepas (non-text quran) menggunakan pensil yang memberikan keterangan mengenai puputan (puser) menggunakan huruf Jawi (huruf arab gundhul, bahasa Jawa) dan aksara Jawa. Adapun bunyi teks tersebut adalah sebagai berikut :
Jawi;
Baris 1 : penget kalane lahiriahipun kapiya kalane hingga dinten Kemis / bra.2
Baris 2 : pahing hinh Wulan Rajab Wulan kaping telu puputipun
Baris 3 : puser hing dinten Sabtu Wage tahunipun Jimawal.
Jawa;
Baris 1 : ... pa nget kala lairipun bagus RaBaris 2 : kiya, kala ing diteng [dinten, red] Sabtu, paraga (?)
Baris 3 : puputipun puser ing diteng Salasa
Baris 4 : Paing wulan Sura tanggal ping 20 rong
Baris 5 : Puluh tahun Wawu “ ga la la la ” (1777 atau 1848 M).
Tg.1 Sura th Jawa 1777 Wawu = 27 November 1848 jatuh hari Senin Kliwon.