Makam Antakapura atau Makam Ratu Malang berada di atas sebuah bukit padas disebut Gunung Sentana atau Gunung Kelir. Kompleks makam dikelilingi oleh pagar tembok yang terbuat dari batu putih. Di dalamnya terdapat makam Ratu Malang dan pengikutnya yang terletak pada bagian tanah yang lebih tinggi dan dikelilingi oleh tembok. Selain makam Ratu Malang terdapat makam Ki Dalang Panjang Mas dan makam lain yang tidak diketahui identitasnya. Makam Ki Dalang Panjang Mas terletak di sebelah barat laut pagar keliling makam Ratu Malang. Makam Ki Dalang Panjang Mas saat ini mengalami kerusakan disebabkan oleh akar pohon yang tumbuh di atas makam. Adapun makam yang tidak teridentifikasi letaknya tersebar di luar tembok makam Ratu Malang.
Pagar keliling kompleks makam terbuat dari susunan balok batu putih berukuran rata-rata 50 cm x 26 cm x 6 cm. Pagar keliling berukuran panjang 34,70 m; lebar 20,20 m; dan ketebalan 1,25 m dengan ketinggian yang berbeda. Tembok makam sisi timur, selatan, dan barat bagian dalam memiliki ukuran 125 cm, sedangkan yang di bagian luar 200 cm. Perbedaan ketinggian tersebut disebabkan adanya perbedaan ketinggian antara halaman dalam makam dengan halaman di
luar pagar makam.
Perbedaan tinggi tembok disebabkan teras di sebelah timur tembok lebih rendah 50-75 cm. Tinggi tembok sisi selatan bagian dalam rata dengan permukaan halaman, sedangkan bagian luar tersisa 150 cm. Tinggi tembok yang tersisa di sisi barat 70 cm. Kondisi tembok keliling sebagian besar sudah runtuh.
Halaman belakang berada di sebelah utara halaman depan. Di halaman ini terdapat beberapa struktur makam, antara lain makam Ratu Malang, makam Ki Dalang Panjang Mas, serta makam-makam lain yang diperkirakan sebagai makam abdi dalem dan pengrawit gamelan.
Halaman belakang berdenah huruf L dan dibatasi dengan tembok keliling, yang menarik terdapat torehan-torehan berbentuk wayang kulit di beberapa bagian tembok keliling. Kondisi tembok sebagian besar runtuh dan hilang pada bagian atas.
Pintu masuk makam terletak di tembok sisi selatan, dengan ukuran lebar 1,8 m tetapi tidak berada tepat di tengah tembok. Di depan pintu masuk terdapat tangga dari susunan blok batu andesit, yang terdiri dari dua buah anak tangga. Anak tangga bawah berukuran lebar 52 cm dan ketinggiannya tidak diketahui karena rata dengan permukaan tanah halaman depan. Anak tangga bagian atas berukuran lebar 54 cm dan tinggi 9 cm. Ambang pintu masuk berupa batu andesit. Di sisi timur dan barat ambang pintu terdapat masing-masing dua lubang bekas engsel pintu. Lubang bagian luar menyerupai huruf L sedang bagian dalam berbentuk segienam bersayap. Pada ambang pintu tersebut juga terdapat dua lubang membujur utara selatan selebar 17 cm, tetapi saat ini ditutup dengan plesteran semen.
Di dalam halaman belakang terdapat tembok yang mengelilingi makam utama, yaitu makam Ratu Malang. Tembok keliling makam Ratu Malang berukuran panjang 11 m, lebar 8,5 m dengan tinggi pagar yang tersisa pada setiap sisi tidak sama karena telah rapuh. Selain dikelilingi tembok, posisi makam utama lebih tinggi 20 cm daripada halaman sekitarnya.
Tembok sisi selatan dalam kondisi melesak, menyisakan tembok setinggi 1,3 m. Sebagian besar tembok sisi barat runtuh dan hanya tersisa 0,84 m. Tembok sisi utara berukuran 0,56 m, tetapi diperkirakan batu penyusunnya sudah mengalami perubahan karena ditemukan batu andesit diantara susunan batu putih. Sebagian besar tembok sisi timur telah runtuh. Pintu masuk ke halaman makam Ratu Malang berada di sisi selatan berukuran lebar 1,57 m. Di depan pintu terdapat dua anak tangga. Ambang pintu diduga tidak dilengkapi dengan daun pintu sebab pada bagian bawah tidak terdapat lubang engsel.
