Masjid Mataram Kotagede merupakan masjid kuno yang dibangun pada abad ke 16. Pembangunannya dimaksudkan untuk sarana pengembangan agama Islam. Keberadaan masjid kuno di tengah perkampungan ini tidak lepas dari keberadaan makam kuno Kotagede yang berada di sebelah barat masjid. Kompleks makam Kotagede merupakan kompleks makam raja-raja Mataram dan makam keluarga Paku Alaman. Kompleks makam dikelilingi oleh beberapa dinding tembok bata berspesi dan memiliki beberapa gapura atau pintu. Pintu masuk ke makam melalui gapura atau pintu masuk yang berada di sebelah Tenggara Masjid Makam Kotagede.
Masjid Makam Kotagede terdiri dari beberapa bagian:
1. Ruangan Utama/Induk
Ukuran 13,70 m x 13,70 m dengan empat buah tiang utama berbahan jati bulat diameter 29 cm dan tinggi 5,40 meter. Ruang ini memiliki enam buah pintu. Tiga buah menghubungkan ruang serambi depan (pintu asli di tengah) dua buah dengan serambi samping kanan (pintu asli di kanan atau timur) dan satu buah pintu mengubungkan dengan pawestren (pintu baru).
Ruang utama ini memiliki tujuh buah jendela krapyak kayu baru. Mihrab di dinding barat ruangan utama. Di kanan mihrab terdapat mimbar berukir . Dinding ruang utama terbuat dari tembok bata tebal 70 cm, tinggi 2,53 meter berpori campuran semen merah, kapur, dan pasir serta diplester.
Perbaikan yang telah dilakukan:
a. lantai asli berupa plester jobin telah diganti lantai teraso 30 cm x 30 cm.
b. Atap dari sirap jati diganti dengan genteng press
c. Kubah atau mustaka yang dahulu berbentuk seperti kuluk tinggi 1 meter terbuat dari tembaga diganti dengan mustaka ukuran yang lebih pendek dan kecil. Bentuk atap limasan dengan susun/tumpang dua.
Konstruksi atas bagian bawah terdiri dari susunan balok kayu jati, konstruksi atap bagian atas terdiri dari usuk jati dan reng jati.
2. Serambi depan
Terletak di sebelah timur/depan ruang utama. Perluasan serambi ini dilakukan Keraton Surakarta pada tahun 1796 untuk menampung para jamaah yang terus bertambah. Atap serambi berbentuk limasan dan disangga oleh beberapa tiang kayu. Sebuah bedug terletak di barat daya serambi ini.
3. Emperan serambi
Terletak di sekeliling serambi depan dan dibangun pada tahun 1856 oleh Kraton Surakarta. Emperan ini disangga oleh tiang besi. Tepi emperan terdapat pagar yang terbuat dari pasangan bata merah tebal 30 cm dan tinggi 80 cm.
4. Pawestren
Terletak di kiri ruang utama .
5. Serambi samping kanan
Serambi ini memiliki atap kampung .
6. Tempat Wudhu Pria
Terletak di utara bangunan masjid. Bangunan ini baru dan dilengkapi dengan gudang, dan toilet.
7. Tempat Wudhu Wanita
Terletak di sebelah selatan masjid. Ada dua bak wudu serta sebuah toilet.
8. Bekas kolam
Terletak di utara pagar I. Dahulu berisi air dan dalam serta digunakan untuk berwudhu, namun sekarang sudah ditutup dengan lantai plester.
9. Pagar I
Merupakan bagian keluar dari bangunan Masjid Makam Kotagede bagian depan. Pagar ini memiliki lima buah pintu masuk dan sebuah pintu utama dari sebelah timur/depan
10. Bangsal Utara dan Bangsal Selatan
Terletak di depan kanan dan kiri bangunan masjid. Bangsal ini tidak berdinding, atapnya disangga oleh empat tiang jati.
11. Tugu
Terletak di depan bangunan masjid, dekat bangunan bangsal utara. Bangunan tugu terbuat dari pasangan bata berukuran 1,50 m x 1,50 m serta tinggi 4 m. Bagian atas terdapat ukiran kayu berbentuk makuta. Fungsi tugu adalah sebagai tetenger Sunan Paku Buwana X.
12. Pagar II
Merupakan pembatas Kompleks Masjid Makam Kotagede dengan wilayah sekitarnya. Pagar ini terbuat dari batu bata yang tidak diplester tebal 0,50 m, tinggi 2,45 m dan panjang keliling 190 m. Pagar ini memiliki gapura sebanyak 3 buah ukuran 3 m x panjang 4,50 m x tinggi 7,25 m. Gapura ini terbuat dari bata berspesi dan diplester. Dorpel gapura utara ada di selatan erbuat dari kayu jati berukir. Dorpel gapura timur diganti dengan cor beton bertulang yang bagian luarnya diplester dan dibentuk ukir-ukiran motif daun. Ketiga gapura mempunyai pintu masuk yang terbuat dari dua buah daun pintu jati berukir.
