Kompleks Masjid Pathok Negoro Mlangi terletak di Dusun Mlangi, Desa Nogotirto, Kecamatan Gamping, Kabupaten Sleman. Kompleks tersebut terdiri dari beberapa komponen, di antaranya adalah:
a. Bangunan Masjid Pathok Negoro Mlangi
b. Struktur Gapura dan Pagar
c. Bangunan cungkup makam Kiai Nur Iman dan keluarganya
d. Bangunan cungkup makam Patih Danurejo II dan keluarganya
e. Struktur makam Kiai Nur Iman
f. Struktur makam Patih Danurejo II
g. Beberapa makam di kompleks Patih Danurejo II dan Kiai Nur Iman
Permakaman yang terletak di sekitar bangunan Masjid Pathok Negoro Mlangi terdiri atas dua kompleks yang masing-masing dibatasi oleh pagar tembok keliling, yakni kompleks makam Kiai Nur Iman dan kompleks makam Patih Danurejo II. Kompleks makam Kiai Nur Iman terletak di sebelah barat Masjid. Tokoh terpenting yang dimakamkan di kompleks tersebut adalah Kiai Nur Iman atau R.M. Sandiya pendiri Masjid dan Pesantren Mlangi. Beliau adalah kakak Sultan Hamengku Buwana I dan putra Susuhunan Amangkurat IV (Amangkurat Jawi). Di sekitar makam tersebut dimakamkan kerabat dan keturunan Kiai Nur Iman serta orang-orang yang berkaitan dengan beliau dan Masjid Pathok Negoro Mlangi. Kompleks makam di utara Masjid diperuntukkan bagi keluarga besar Patih Danurejo II.
Kompleks permakaman sebelah barat Masjid terdapat tiga bangunan cungkup, yaitu cungkup utara, tengah dan selatan. Cungkup utara berdenah segiempat dengan ukuran luas 10,45 m x 10 m dan atap tajug. Cungkup tersebut memiliki dinding dengan cat warna putih di sisi utara, barat dan timur, sementara sisi selatan terbuka. Dinding tersebut pada bagian bawah dihias dengan keramik putih dan bagian atas terdapat jendela memanjang yang terbuat dari kaca dan ditutup dengan tirai putih. Lantai cungkup diganti keramik warna merah bata dan ditutup dengan karpet merah. Pada cungkup utara terdapat beberapa makam, yang paling khusus adalah makam Kiai Nur Iman yang dikhususkan dengan ruang tersendiri pada bagian tengah ruang terbuat dari kayu (gebyok) dengan ukiran floral di sisi timur, barat dan selatan, sementara pada sisi utara merupakan dinding berbahan bata plester. Bagian luar dari ruang untuk makam Kiai Nur Iman diberi pagar besi warna hijau. Langit-langit ruang ditutup dengan eternit.
Cungkup tengah berdenah segiempat dengan luas 9,79 m x 10 m dan atap limasan. Di dalamnya terdapat beberapa makam keluarga Kiai Nur Iman. Cungkup tersebut terhubung dengan cungkup utara tanpa sekat apapun. Dinding terdapat di sisi barat dan selatan. Dinding sisi barat pada bagian bawah dihias dengan keramik warna coklat muda dan bagian atas merupakan jendela nako yang ditutup dengan tirai putih. Dinding sisi selatan diberi keramik warna putih pada bagian bawah dinding dan bagian atasnya diberi tirai. Lantai cungkup tengah berupa keramik merah bata (maroon). Lantai tersebut lebih tinggi dari kondisi yang semula karena menutupi landasan pada makam-makam yang terdapat di cungkup tersebut. Langit-langit ruang ditutup dengan eternit. Pada bagian tengah ruang terdapat empat tiang kayu yang berdiri di atas umpak batu andesit.
Bangunan cungkup yang masih asli adalah cungkup selatan. Bangunan tersebut berdenah persegi panjang dengan teras pada bagian selatan dan memiliki ukuran 6,1 m x 10 m. Bangunan cungkup selatan merupakan bangunan tertutup dan memiliki bentuk atap limasan. Keseluruhan dinding pada bangunan cungkup merupakan bata plester berukuran 15 cm dengan pilaster berukuran 28 cm dan diberi cat warna putih. Dinding sisi selatan merupakan dinding dengan kisi-kisi berbentuk kotak (rooster). Untuk memasuki cungkup selatan melalui pintu tanpa daun pintu dengan tinggi 1 m dan lebar 77 cm di sisi selatan. Konstruksi pada atap cungkup disangga oleh dua tiang cor beton (tambahan) dan masih lengkap dengan jenis atap limasan dan sistem penyusunan usuk paniyung. Bagian atap menggunakan genteng tanah liat. Pada bagian teras terdapat empat tiang kayu. Lantainya terbuat dari plesteran semen.
