Kompleks Masjid Pathok Negoro Mlangi terletak di Dusun Mlangi, Desa Nogotirto, Kecamatan Gamping, Kabupaten Sleman. Kompleks tersebut terdiri dari beberapa komponen, di antaranya adalah:
a. Bangunan Masjid Pathok Negoro Mlangi
b. Struktur Gapura dan Pagar
c. Bangunan cungkup makam Kiai Nur Iman dan keluarganya
d. Bangunan cungkup makam Patih Danurejo II dan keluarganya
e. Struktur makam Kiai Nur Iman
f. Struktur makam Patih Danurejo II
g. Beberapa makam di kompleks Patih Danurejo II dan Kiai Nur Iman
Permakaman yang terletak di sekitar bangunan Masjid Pathok Negoro Mlangi terdiri atas dua kompleks yang masing-masing dibatasi oleh pagar tembok keliling. Tokoh terpenting yang dimakamkan di kompleks sebelah barat Masjid adalah Kiai Nur Iman atau Pangeran Sandiya pendiri Masjid dan Pesantren Mlangi. Beliau adalah kakak Sultan Hamengku Buwana I dan putra Susuhunan Amangkurat IV. Di sekitar makam tersebut dimakamkan kerabat dan keturunan Kiai Nur Iman serta orang-orang yang berkaitan dengan beliau dan Masjid Pathok Negara Mlangi. Kompleks makam di utara Masjid diperuntukkan bagi keluarga besar Patih Danurejo II. Di selatan pagar kompleks Masjid Pathok Negoro Mlangi terdapat permakaman baru yang diperuntukkan bagi masyarakat umum saat ini.
Masjid Pathok Negara Mlangi memiliki afiliasi istimewa dengan keluarga Patih Danureja. Meskipun Patih Danureja I dimakamkan di Imogiri, secara khusus keluarga Danurejan memiliki kompleks makam tepat di utara Masjid Mlangi. Keluarga ini juga merupakan donatur penting bagi pengembangan keagamaan di Mlangi, dan beberapa di antaranya rajin mengaji di sini.
Pada kompleks makam sebelah utara yang diperuntukkan bagi kalangan keluarga kraton, terdapat tiga cungkup yang berjajar barat-timur menghadap ke arah selatan. Dalam bangunan cungkup yang terletak kedua dari barat terdapat beberapa struktur makam dengan nisan dan jirat, salah satunya adalah struktur makam Patih Danureja II. Selain struktur makam Patih Danureja II, terdapat struktur makam tokoh lainnya di cungkup tengah, namun demikian nisan dan jirat Patih Danurejo II letaknya menonjol karena memiliki ruang tersendiri di sebelah utara bagian tengah dan lantainya lebih tinggi 20 cm daripada struktur makam lainnya.
Cungkup tengah berdenah segi empat dengan teras depan dan penampil yang menonjol di sisi utara. Ukuran dari teras adalah 7,14 m x 5,2 m, sementara ruang dalam memiliki ukuran 7,14 m x 7,8 m dan ukuran penampil yang merupakan ruang khusus bagi makam Patih Danurejo II adalah 2,6 m x 1,7 m. Atap cungkup merupakan atap tajug lawakan kembang teplok (dua tingkat) dan saat ini menggunakan bahan seng. Pada bagian teras terdapat empat tiang yang menyangga di sisi selatan. Tiang tersebut terbuat dari kayu dan bagian bawahnya terdapat umpak dari batu berwarna hitam polos tanpa hiasan. Lantai teras cungkup menggunakan bahan tegel polos dan dihiasi dengan tegel motif floral pada bagian tepi lantai. Bagian kanan dan kiri teras ditutup oleh tembok berbahan batu putih di bagian bawah dan pada bagian atas tembok menggunakan bahan kayu. Pada bagian teras terdapat beberapa makam, baik dengan nisan dan jirat maupun yang tidak menggunakan nisan dan jirat.
Untuk memasuki bagian dalam cungkup, harus melewati satu pintu pada bagian tengah. Pintu tersebut menggunakan bahan kayu dengan dua daun pintu dan gagang bulat dari besi. Pintu tersebut tidak sejajar dengan lantai teras maupun lantai ruang dalam, tetapi lebih tinggi sekitar 30 cm. Pada bagian kanan kiri pintu, dinding bangunan berupa kisi-kisi berbentuk kotak tembus pandang (rooster) yang terbuat dari kayu, sementara dinding bagian dalam ruang pada bagian bawah dihiasi tegel motif floral kemudian atasnya terbuat dari batu putih yang disusun dan bagian paling atas terbuat dari kayu. Lantai bagian dalam ruang menggunakan tegel polos. Dalam bangunan cungkup terdapat beberapa makam, salah satunya adalah makam Patih Danurejo II yang letaknya menonjol karena memiliki ruang tersendiri di sebelah utara bagian tengah dan lantainya lebih tinggi 20 cm daripada makam lainnya. Sekeliling makam Patih Danurejo II terdapat tirai berupa kain putih motif bunga yang tembus pandang.
Cungkup sebelah barat diperuntukkan bagi keluarga Patih Danurejo II. Saat ini cungkup tersebut merupakan bentuk bangunan baru. Cungkup barat merupakan ruang semi terbuka dengan dinding yang hanya terletak di sisi timur dan barat. Atap cungkup berupa atap limasan dengan bahan seng dan memiliki denah segi empat. Luas dari cungkup barat adalah 130,295 m².
Cungkup sebelah timur berdenah segi empat dengan ruang utama dan teras depan. Makam dengan nisan dan jirat terdapat baik di ruang utama maupun teras. Cungkup timur memiliki atap limasan berbahan seng dan lantai tegel abu. Keseluruhan dinding di ruang utama menggunakan bahan kayu. Pada dinding sisi selatan berbentuk kisi-kisi kotak tembus pandang (rooster) dan diberi kawat. Untuk memasuki ruang utama hanya bisa dengan melewati pintu yang terletak di tengah dinding depan. Pintu tersebut berbahan kayu dengan dua daun pintu dan merupakan pintu geser. Ketinggian pintu dari lantai sekitar 30 cm. Pada bagian atas pintu terdapat tulisan dengan huruf arab yang berisi adab dan doa ketika memasuki permakaman. Teras cungkup sebelah timur memiliki dinding di kanan kirinya berupa dinding berbahan marmer pada bagian bawah dan bahan kayu pada bagian atas.