Kompleks Masjid Pathok Negoro Mlangi terletak di Dusun Mlangi, Desa Nogotirto, Kecamatan Gamping, Kabupaten Sleman. Kompleks tersebut terdiri dari beberapa komponen, di antaranya adalah:
a. Bangunan Masjid Pathok Negoro Mlangi
b. Struktur Gapura dan Pagar
c. Bangunan cungkup makam Kiai Nur Iman dan keluarganya
d. Bangunan cungkup makam Patih Danurejo II dan keluarganya
e. Struktur makam Kiai Nur Iman
f. Struktur makam Patih Danurejo II
g. Beberapa makam di kompleks Patih Danurejo II dan Kiai Nur Iman
Struktur pagar mengelilingi kompleks Masjid Pathok Negoro Mlangi, selain itu juga menjadi pembatas antara bangunan Masjid Pathok Negoro Mlangi dengan kompleks makam dan menjadi batas antar kompleks makam dan dengan kompleks makam yang lain. Terdapat dua kompleks pemakaman yaitu kompleks permakaman barat untuk orang-orang Mlangi, termasuk di antaranya adalah Kiai Nur Iman dan keluarganya serta tokoh-tokoh prajurit Pangeran Diponegoro dan kompleks permakaman utara untuk keluarga kraton. Seluruh struktur pagar berbahan bata plester, yang berbeda adalah warna cat yang digunakan. Struktur pagar yang menggunakan cat warna hijau adalah struktur pagar dari gapura timur membujur ke barat dan struktur pagar yang mengelilingi masjid sebelah timur, sementara sisanya menggunakan cat warna putih.
Struktur pagar berupa kelir juga terdapat di kompleks Masjid Pathok Negoro. Kelir tersebut terletak di halaman depan masjid dan membujur utara-selatan 4.87 m. Kelir menggunakan bahan bata plester dan diberi cat warna putih. Pada pagian tepi kanan-kiri kelir terdapat pilaster dengan tinggi 2.08 m yang menjorok ke arah barat.
Pada pagar sisi timur terdapat gapura paduraksa bertingkat tiga berbahan bata plester dan diberi cat warna hijau. Gapura tersebut membujur utara-selatan. Terdapat hiasan lambang “Nahdatul Ulama” pada tingkat pertama dan hiasan berbentuk seperti tiga kelopak bunga yang mekar dengan dua sayap di kanan kiri puncak gapura. Tembok dengan puncak berbentuk lengkung yang terletak di kanan kiri gapura paduraksa dibongkar untuk dibuat pintu masuk baru, sehingga pada pagar sisi timur terdapat tiga pintu masuk. Ketiga pintu tersebut menjadi akses yang menghubungkan jalan kampung dengan jalan menuju halaman depan Masjid Pathok Negoro Mlangi.
Gapura paduraksa juga terdapat di sebelah utara masjid. Gapura tersebut membujur timur-barat dan menghubungkan halaman Masjid Pathok Negoro dengan kompleks permakaman untuk keluarga kraton. Bentuk dan bahan yang digunakan pada gapura paduraksa sisi utara sama seperti sisi timur, yang berbeda adalah tidak adanya hiasan lambang “nahdatul ulama” dan pada bagian puncak gapura hiasan berupa satu bentuk lengkungan dan sayap di tepi kanan kiri. Pada bagian tengah gapura paduraksa terdapat pintu berbahan kayu dengan dua daun pintu. Pintu tersebut selalu dikunci oleh juru makam.
Gapura paduraksa yang terakhir terdapat di sebelah selatan masjid. Gapura tersebut membujur utara-selatan dan menghubungkan halaman Masjid Pathok Negoro Mlangi dengan pemakaman di sebelah barat masjid yang diperuntukkan bagi orang-orang Mlangi, di antaranya adalah Kiai Nur Iman dan keluarganya serta tokoh-tokoh prajurit Pangeran Diponegoro. Setelah melewati gapura paduraksa akan ada selasar yang berbelok barat laut menuju cungkup dari makam Kiai Nur Iman. Bentuk gapura tersebut sama persis dengan gapura paduraksa di sebelah utara masjid, yang berbeda adalah warna cat yang digunakan berupa warna putih.
Pada bagian pagar juga terdapat lima pintu dengan bahan kayu yang berfungsi sebagai akses yang menghubungkan antar komponen dalam kompleks Masjid Pathok Negoro Mlangi maupun dengan bagian luar kompleks. Pintu-pintu tersebut di antaranya terletak di pagar bagian timur masjid yang menghubungkan jalan dari gapura ke masjid dengan bagian luar kompleks masjid. Pintu tersebut membujur barat-timur dan berjumlah dua yaitu di pagar sisi utara maupun selatan. Pintu lainnya terletak di sebelah selatan masjid. Pintu tersebut membujur barat-timur dan menghubungkan halaman masjid dengan jalan kampung bagian luar kompleks Masjid Pathok Negoro Mlangi. Selanjutnya terdapat pintu dengan dua daun pintu yang terletak di pagar sisi selatan dari kompleks permakaman bagian barat. Pada bagian atas pintu terdapat sedikit atap dengan bahan genteng dan juga di sisi selatan pintu terdapat tangga. Pintu tersebut membujur barat-timur dan menghubungkan bagian luar kompleks Masjid Pathok Negoro Mlangi dengan kompleks permakaman bagian barat. Pintu terakhir terletak di pagar sisi barat permakaman bagian barat, tepatnya di bagian paling selatan. Pintu tersebut memiliki dua daun pintu dan sedikit atap dengan bahan genteng pada bagian atasnya. Untuk mencapai pintu dari luar kompleks harus melewati tangga. Pintu tersebut membujur utara-selatan dan menghubungkan kompleks permakaman bagian barat dengan jalan kampung.
