Lokasi Makam Patih Danurejo II merupakan area pemakaman Patih Danurejo II yang berada tepat di sebelah utara kompleks Masjid Pathok Negoro Mlangi. Secara administratif Lokasi Makam Patih Danurejo II terletak di Padukuhan Mlangi, Desa Nogotirto, Kecamatan Gamping, Kabupaten Sleman. Lokasi ini memiliki beberapa tinggalan arkeologis berupa Bangunan Cagar Budaya yang terdiri dari Cungkup Patih Danurejo II dan Struktur Cagar Budaya yang terdiri dari Makam Patih Danurejo II.
1. Cungkup Patih Danurejo II
Kompleks makam di utara Masjid diperuntukkan bagi keluarga besar Patih Danurejo II. Terdapat tiga cungkup yang berjajar barat-timur menghadap ke arah selatan. Dalam bangunan cungkup yang terletak kedua dari barat (cungkup tengah) terdapat beberapa struktur makam dengan nisan dan jirat, salah satunya adalah struktur makam Patih Danureja II. Selain struktur makam Patih Danureja II, terdapat struktur makam tokoh lainnya di cungkup tengah, namun demikian nisan dan jirat Patih Danurejo II letaknya menonjol karena memiliki ruang tersendiri di sebelah utara bagian tengah dan lantainya lebih tinggi 20 cm daripada struktur makam lainnya. Cungkup sebelah barat diperuntukkan bagi keluarga Patih Danurejo II. Saat ini cungkup tersebut merupakan bentuk bangunan baru. Cungkup sebelah timur berdenah segi empat dengan ruang utama dan teras depan. Makam dengan nisan dan jirat terdapat baik di ruang utama maupun teras.
2. Makam Patih Danurejo II
Struktur makam Patih Danurejo II menggunakan bahan marmer warna hitam dan terdiri dari lima tingkat. Tingkat pertama dengan panjang 190 cm dan lebar 77 cm. Tingkat kedua memiliki panjang 178 cm, lebar 65 cm dan tinggi 29 cm. Tingkat ketiga memiliki ukuran panjang 166 cm, lebar 52 cm, dan tinggi 13 cm. Tingkat keempat memiliki panjang 154 cm, lebar 40 cm, dan tinggi 14 cm. Tingkat kelima memiliki panjang 143 cm, lebar 15 cm dan tinggi 16 cm. Pada bagian atas nisan terdapat dua jirat dengan bentuk bagian atas seperti mahkota segilima, bagian tengah persegi panjang dan bagian bawahnya trapesium pipih berbahan marmer hitam dan permukaannya polos tanpa ada tulisan. Ukuran dari nisan adalah tinggi 46 cm dan panjang bagian atasnya 29 cm, bagian tengah 16 cm dan bagian bawah 24 cm, serta ukuran tebal adalah 12 cm. Pada bagian landasan nisan terdapat tulisan dengan aksara Jawa baru yang berbunyi: “sumaré ing ngriki saking Banyusumurup 14 Besar 1793[J]”. Artinya “dikuburkan di sini dari Banyusumurup pada 14 Besar 1793 J (11 Mei 1865 M)”. Tulisan tersebut menunjukkan saat pemindahan struktur makam Patih Danurejo II pada masa pemerintahan Sultan Hamengku Buwana VI (1855-1877 M).
Komponen lainnya yang terdapat dalam Lokasi Makam Patih Danurejo II adalah beberapa makam tokoh lainnya.