Kawasan Cagar Budaya Kraton Yogyakarta merupakan tata ruang kota tradisional Jawa yang merupakan satu rangkaian utuh antara kompleks kraton di dalam lingkungan benteng dan jalur lurus atau yang dikenal dengan Sumbu Filosofis, sepanjang sekitar 5,3 Km dari Panggung Krapyak di sisi selatan sampai Tugu Pal Putih di sisi utara. Sebagian dari Sumbu Filosofis ini adalah penggal jalan yang sangat terkenal dan merupakan ‘etalase’ kota Yogyakarta yakni jalan Malioboro.
Kawasan ini merupakan cikal bakal kota Yogyakarta yang direncanakan dan dibangun oleh Pangeran Mangkubumi (Sultan Hamengku Buwana I) pada tahun 1755, dengan kesadaran transendental yang berupa filosofi makro-kosmos yakni poros gunung-laut. Poros ini disebut pula sumbu imajiner yang merupakan bagian tak terpisahkan dari konsep kosmologi Jawa yang melihat kehidupan sebagai wujud hubungan sinergi harmonis antara dua sumber kekuatan yang diwakili oleh Gunung Merapi dan Laut Selatan. Kesadaran ini diwujudkan dengan memilih lokasi dan lahan yang tidak saja strategis, tetapi juga sarat dengan nilai-nilai filosofis/kosmologis. Lokasi kawasan ini merupakan dataran datar yang subur yang berada diantara gunung api Merapi di bagian utara dan laut selatan di sisi selatan, serta diapit oleh dua sungai yang mengalir dari sisi utara ke selatan yakni Sungai Code di sisi timur dan Sungai Winongo di sisi barat.
Kesadaran makro-kosmos dalam menentukan lokasi kota ini, kemudian diwujudkan dalam penataan ruang kota dengan filosofi sangkan paraning dumadi, manunggaling kawula lan gusti, serta golong gilik yang kemudian didukung dengan sejumlah bangunan penanda, terutama yang berada di sepanjang sumbu filosofis kota. Konsep ini pada dasarnya menempatkan manusia dan proses kehidupanya dalam alam semesta yang lebih luas. Manusia menjadi jagad cilik (mikrokosmos) merupakan satu kesatuan dengan alam semesta atau jagad gedhe (makrokosmos). Hanya dengan memahami kesatuan ini manusia dan alam dapat hidup lestari berdampingan secara harmonis.
Kawasan Cagar Budaya Kraton Yogyakarta yang merupakan inti kota Yogyakarta awalnya merupakan Ibukota Kraton (Kasultanan) Ngayogyakarta Hadiningrat, yang kemudian dalam perkembangannya didukung oleh berbagai bangunan perumahan, pertokoan, perkantoran, dan jasa-jasa lain, dan secara keseluruhan membentuk tata ruang pusat kota Yogyakarta. Kawasan ini secara administrasi berada dalam 2 (dua) wilayah, yakni Kota Yogyakarta dan Kabupaten Bantul.
Tata Ruang kompleks kraton sendiri dibangun dengan konsep Catur Gatra Tunggal, yakni empat kesatuan yang menyatu meliputi Kraton, Alun-Alun Utara, Masjid Gedhe, dan Pasar Beringharjo. Di dalam benteng selain kraton juga terdapat bangunan-bangunan berupa rumah (ndalem) pangeran, bangunan rumah-rumah abdi dalem, dan bangunan Taman Sari. Sementara di sekitarnya juga kemudian dibangun berbagai bangunan bersejarah antara lain Museum Sonobudoyo berada di utara Alun-Alun Lor dengan arsitektur tradisional Jawa.
Adapun Sumbu Filosofisnya sendiri, dapat dibagi menjadi dua bagian yang menyatu, yakni dari Panggung Krapyak ke Kraton dan dari Kraton ke utara sampai Tugu Pal Putih. Pada penggal dari Pangung Krayak ke Kraton, mempresentasikan konsep sangkaning dumadi yakni simbol awal mula terciptanya manusia, dimulai dari kelahiran bayi dari rahim ibu, kemudian menjadi dewasa menikah, sampai melahirkan anak.
Filosofi sebaliknya yakni paraning dumadi digambarkan dari arah utara (Tugu Pal Putih) ke arah selatan sebagai perjalanan manusia menghadap Sang Khaliq. Bentuk tugu yang golong-giling menggambarkan bersatunya cipta, rasa, dan karsa yang dilandasi hati (warna putih). Perjalanan melalui Jalan Margautama yakni jalan menuju keutamaan, terus ke selatan melalui Jalan Malioboro, kemudian melalui Jalan Margamulya (jalan menuju kemuliaan), dan yang terakhir melalui Jalan Pangurakan (mengusir kejahatan).
Konsep sangkan paraning dumadi ini diwujudkan tidak saja pada tata bangunan, melainkan juga dalam tata vegetasi/lansekap sepanjang sumbu filosofis. Sejak titik Panggung Krapyak sampai Tugu Pal Putih, sejatinya telah ditentukan jenis-jenis pohon yang harus ditanam yang masing-masing menggambarkan nilai-nilai luhur yang ingin disampaikan.
Dalam perkembangnya, di sepanjang Sumbu Filosofis ini, dibangun berbagai bangunan-bangunan yang desain arsitekturnya mewakili gaya Jawa, Cina, dan kolonial antara lain: Museum Sonobudoyo, BNI 46, Kantor Pos, Kompleks Gedung Agung, Benteng Vredeburg, Gereja Margamulya, Tugu Jam, Pasar Beringharjo, Kompleks Kepatihan, Gedung DPRD DIY, ex Intrans Tour, Kimia Farma 20 dan 21, Perpustakaan Wilayah DIY, Hotel Inna Garuda, Toko Malioboro 1 (ex Coiffeur), Stasiun Tugu, Hotel Toegoe, dan Kedaulatan Rakyat. Keberadaan berbagai bangunan ini ini mempresentasikan keberadaan bangsa pendatang terutama Bangsa Eropa dan Cina sangat mempengaruhi atau mewarnai perkembangan dan dinamika Kraton Yogyakarta sebagai embrio Kota Yogyakarta. Lebih lanjut, adanya berbagai pemukiman/kampung di sekitar kawasan ini, dengan berbagai nama/toponim yang terdapat di sejumlah tempat merupakan salah satu bukti bahwa Kota Yogyakarta sejak awal telah dihuni beragam suku bangsa yang berasal dari wilayah Nusantara atau etnis bangsa lain seperti Cina, Arab, India, dan Eropa.
Keberadaan arsitektur bercorak Jawa/tradisional, Kolonial, dan Cina mengandung nilai sejarah yang menggambarkan pergulatan dua kekuatan sosial dominan pada masa lampau. Beberapa bangunan tradisional milik penguasa tradisional merupakan simbol salah satu kekuatan sosial politik, sedangkan gambaran kekuatan asing selaku penguasa kolonial berpusat di Benteng Vredeburg dan Kantor Residen Yogyakarta (Gedung Agung). Kedua kekuatan tersebut menunjukkan gelombang dinamika dan mewarnai kehidupan masyarakat di Yogyakarta pada masa lampau.
Dalam perkembangnya, di luar batas kompeks Kraton dan sepanjang Sumbu Filosofis ini, terdapat permukiman dan kegiatan perkotaan lain yang berkembang sejalan dengan perkembangan Kota Yogyakarta. Kawasan ini secara keseluruhan dapat disebut sebagai kawasan pusat Kota Yogyakarta, termasuk Kawasan Malioboro yang saat ini menjadi pusat kegiatan komersial, jasa, pemerintahan, dan pariwisata Kota Yogyakarta.