Candi Kelir Selatan merupakan candi yang berada di dalam halaman utama Kompleks Candi Prambanan. Candi Kelir Selatan berada di Padukuhan Karangasem, Kalurahan Bokoharjo, Kapanewon Prambanan, Kabupaten Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta. Pada 13 Desember 1991. Candi Kelir Selatan bersama candi-candi lainnya di Kompleks Candi Prambanan ditetapkan menjadi warisan budaya dunia (World Heritage) yang beridentitas nama Prambanan Temple Compounds (Candi Prambanan, Candi Sewu, Candi Lumbung, Candi Bubrah, dan Candi Asu) dengan nomor C.642. Mengikuti ketetapan UNESCO, pada 1998 Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan menetapkan Kompleks Candi Prambanan sebagai Kawasan Cagar Budaya peringkat nasional berdasarkan Surat Keputusan No. 157/M/1998 dan diperbarui kembali berdasarkan Surat Keputusan No. 278/M/2014.
Di dalam Kompleks Candi Prambanan terdapat empat candi kelir yang berada di depan setiap pintu masuk ke arah halaman utama Candi Prambanan. Candi Kelir adalah candi dengan ruangan tanpa tangga untuk memasuki ruangan tersebut. Keempat Candi Kelir menghadap ke arah halaman utama Candi Prambanan.
Candi Kelir Selatan dipugar pada masa Pemerintahan Hindia Belanda, namun pada saat itu masih banyak batu asli yang belum ditemukan. Maka dari itu, dibuatlah batu pengganti yang terbuat dari campuran pasir, semen, kapur dan kerikil. Batu ini dicetak dengan meniru bentuk batu aslinya. Setelah batu cetak ini aus, maka dibuat lagi batu pengganti menggunakan bahan batu andesit.
Sistem pemugaran Candi Kelir Selatan dilakukan secara total, sama seperti yang dilakukan pada Candi Wahana. Selama pembongkaran, para ahli juga melakukan ekskavasi untuk mengetahui struktur pondasi serta untuk penelitian arkeologis lainnya. Kegiatan ekskavasi membuktikan adanya lapisan semen pada bagian pondasi candi, sehingga dapat diketahui bahwa pondasi Candi Kelir Selatan pernah dibongkar. Setelah kegiatan ekskavasi, kegiatan konservasi menjadi tindakan lanjutan. Kegiatan konservasi dilakukan dengan pemasangan pelat beton dan pemasangan angkur yang dikaitkan pada struktur batu bagian dalam.
Candi Kelir Selatan merupakan salah satu dari empat candi kelir yang berada dalam halaman pusat atau halaman ke-1 kompleks Candi Prambanan. Candi Kelir Selatan beserta candi patok dan candi kelir lainnya diatur di sepanjang bagian dalam pagar pembatas pertama. Jika garis-garis penghubung antar candi-candi itu ditarik di atas sebuah denah, maka garis-garis tersebut akan bertemu pada tangga utama sisi selatan Candi Siwa. Titik pertemuan garis tersebut dikenal sebagai Brahmastana dan menjadi pijakan dalam penempatan bangunan candi utama karena arca-arca atau bagian-bagian penting lainnya dari sebuah struktur tertentu tidak boleh diletakkan pada Brahmastana.
Candi Kelir Selatan berdenah bujur sangkar, berukuran 2,20 m x 2,20 m, dan tinggi sekitar 4,05 meter. Candi ini mempunyai satu bilik yang berukuran 76 cm x 76 cm dan saat ini dalam keadaan tanpa isi. Seperti halnya candi-candi lain, candi ini terbagi atas tiga bagian, yaitu kaki, tubuh, dan atap.
Kaki candi terdiri dari bingkai rata tebal yang berfungsi sebagai lapik, kemudian dua bingkai rata, dinding tanpa hiasan dan perbingkaian atas yang diakhiri oleh deretan simbar.
Tubuh candi terdiri atas susunan bingkai rata dan bingkai kumuda, dilanjutkan dengan dinding candi tanpa hiasan serta tidak memiliki relung. Selanjutnya disusul bingkai puncak atau bingkai mahkota yang diberi deretan simbar di atasnya. Bagian dalam candi terdapat bilik kecil yang di dalamnya terdapat sumuran. Kemungkinan sumuran tersebut digunakan untuk meletakkan lingga Atap candi ini terdiri atas satu tingkatan dan bentuknya berbeda dengan atap yang terdapat pada candi-candi lainnya di kompleks Candi Prambanan, tetapi mirip dengan atap candi yang umum terdapat pada candi-candi di Jawa Tengah.
Atap mempunyai satu tingkatan dengan puncak yang berbentuk buah keben susun terletak di atas dinding yang dibuat tinggi.
