Pesanggrahan Rejowinangun terdiri atas sisi barat dan sisi timur yang terpisah oleh Sungai Gajah Wong. Pesanggrahan sisi barat ini juga dikenal dengan nama Pesanggrahan Warungboto. Pesanggrahan Rejowinangun Sisi Barat terbagi menjadi empat bagian yaitu bagian tengah (a), bagian utara (b), bagian selatan (c) dan terdapat benteng keliling (d) (lihat lampiran denah)
Bagian tengah
Bagian ini terdiri atas ruang sisi barat, umbul dan kolam, serta ruang sisi timur. Ketinggian tanah bagian ini berbeda (berundak), sisi timur merupakan area yang paling rendah, mengarah ke barat ketinggiannya semakin bertambah. Bagian ini terdiri atas tiga ruang, ruang pertama di sisi paling timur berupa ruang berdenah persegi panjang dengan ukuran 11,65 mx 7,05 m dikelilingi oleh tembok dengan lekukan di bagian atas, yang mungkin merupakan sisa dari bukaan sebagai jendela. Tebal dinding bagian ini adalah satu meter. Terdapat anak tangga di sisi timur bangunan yang menurun ke tiga arah. Bagian ini dahulu dikelilingi dengan kolam, terlihat di bagian utara, akan diekskavasi tahun 2022.
Ruangan kedua merupakan area kolam berbentuk persegi panjang berukuran 10meter x 4meter berkedalaman 0,75 meter, di sisi baratnya terdapat kolam berdenah bulat dengan diameter 4,5meter dan kedalaman 0,5 meter. Kedua kolam tersebut dihubungkan oleh saluran air. Pada tengah kolam terdapat struktur bekas pancuran berbahan batu andesit. Terdapat anak tangga yang menghubungkan ruangan ini dari ruang pertama, sedangkan terdapat dua lubang pintu yang menghubungkan ruangan dua dengan ruangan sayap utara dan selatan.
Ruangan ketiga berbentuk bujur sangkar berukuran 10meter x 10meter. Pada sisi barat bangunan ini terdapat ruang yang mirip dengan mihrab pada masjid. Terdapat akses berupa anak tangga di sisi utara, tengah, dan selatan (berundak) dari ruang dua menuju ruang tiga.
Bagian utara
Bagian utara merupakan ruang-ruang yang tersusun membujur utara-selatan. Terdapat 5 buah ruang berukuran 2,9 m x 3,53 m bentuk ruang persegi. Dinding berbahan batu bata berplaster bligon dengan tinggi 6,85 m dan tebal 0,8 m. Ruang-ruang ini dihubungan dengan pintu, sebagian berbentuk persegi dan sebagian lain berbentuk melengkung. Pada sisi terluar bangunan sisi utara terdapat bangunan berlantai dua, pada lantai bawah terdapat lubang pintu berbentuk lengkung yang terdapat di sisi timur dan barat. Kedua lubang pintu ini terdapat anak tangga menghubungkan lantai atas. Lantai atas merupakan bangunan terbuka dengan pagar pengaman dan lubang pintu berbentuk lengkung yang terdapat di sisi barat, sisi utara dengan ukuran 1 m x 1,56 m. Pada lantai atas terdapat pengaman berupa pagar keliling dari pasangan batu bata berplester setinggi 1m dan tebal 0,7 m.
Bagian selatan
Bagian selatan memiliki denah yang mirip dengan bagian utara, dengan posisi yang terbalik (cerminan), namun terdapat salah satu ruang berfungsi sebagai kolam dengan pancuran air.
Pada ruang utara-barat bagian selatan ini terdapat struktur yang diperkirakan sebagai pancuran air kolam yang dikenal dengan sebutan Pasiraman Gajah, terdapat fragmen hiasan berupa dua bentuk silindris yang tegak dan relief. Relief ini diperkirakan sebagai kaki gajah.
d) Benteng keliling
Benteng keliling Pesanggrahan Rejawinangun terbuat dari batu bata berplester, sebagian telah runtuh dan tersisa pagar keliling sisi selatan membujur barat-timur sepanjang 62 m. Tebal dinding benteng 0,80 m dengan ketinggian 5,6 m.
