Candi Klodangan ditemukan pada tanggal 3 Juni 1998. Penemuan ini kemudian ditindaklanjuti dengan ekskavasi dan penyelamatan. Kegiatan ekskavasi yang pernah dilakukan oleh SPSP DIY selama 2 tahap, yaitu tahap pertama tanggal 20-29 Juli 1998 dan tahap kedua tanggal 14-19 Februari 2000. Candi ini diperkirakan berasal dari abad IX-X M, yang telah ditinggalkan pendukungnya sebelum selesai dibangun.
Candi Klodangan terbuat dari batu putih (tuff) dengan denah 7,5 x 7,5 m, berada pada kedalaman 120 cm di bawah permukaan tanah. Luas kompleks candi ini sekitar 8 meter x 9,5 meter. Secara keseluruhan situs ini bisa dikatakan belum dapat ditemukan bentuknya. Tampaknya sebagian besar batuan pembentuk struktur candi telah hilang atau hancur. Beberapa bagian pondasi candi memang berhasil ditemukan. Namun bagian kaki, tubuh, dan puncak candi tidak berhasil ditemukan. Batuan yang ditemukan memang dapat dikatakan membentuk struktur tertentu, namun belum dapat dipastikan bagaimana struktur yang sesungguhnya. Pada kompleks situs ini terdapat dua petak lubang galian. Satu merupakan galian besar yang tampaknya berusaha menampakkan candi utama (induk), sementara galian yang lain merupakan lubang yang menampakkan salah satu struktur pondasi atau bagian kaki candi.
